El nombre de Atotonilco deriva de las raíces Nahoas atl “agua”, totonqui “caliente” y co “en o dentro”, que unido le da el significado a: “Lugar en donde el agua hierve”.

En el códice Ozuna en los Anales de Cuauhtitlán entre los años 1440 y 1469 época de Moctezuma Ihuicamina, fueron conquistados varios pueblos entre ellos Atotonilco, consolidando una alianza llamada “Triple Alianza”, quedando toda el área sometida a Tlacuna o Tlacopan; esta organización queda bien definida en el “Memorial de los Pueblos”.

En la época precolonial, Atotonilco fue gobernado por tribus de descendencia otomí, quienes participaron en la captura y sometimiento de Cuauhtitlán. Cabe mencionar que uno de los sucesos históricos de este territorio es la celebración del “Juego de Pelota”, los pobladores lo llamaban “Tlachco”, siendo el más popular entre los mexicas, pero no era un juego común y corriente, era toda una celebración que llevaba tradición religiosa, ya que los movimientos representaban los movimientos del sol y la luna.